Ситуация резко изменилась в конце 2006 года, когда Председатель Государственной Думы Российский Федерации Борис Грызлов посетил храм и принял предложение митрополита Санкт-Петербургского и Ладожского Владимира создать и возглавить Попечительский совет для возрождения храма. Реставрация началась летом 2007 года и, не прекращаясь ни на один день, продлилась в течение шести лет. Масштабный проект стал одним из главных пунктов программы «Историческая память» всероссийской политической партии «Единая Россия», лидером которой в те годы был Борис Грызлов.
Масштаб сделанного можно оценить, если хотя бы мысленно представить себе, что представляло собой здание собора после десятилетий его эксплуатации как промышленного предприятия. Изуродованный пристройками внешний облик с отсутствующими куполами, дополнительные этажи внутри – все это лишь внешние очертания того плачевного положения, в котором находился храм в момент его возвращения Церкви (см. фото здесь, здесь и здесь). Как показали исследования, проведенные в самом начале реставрации, даже старые части здания – например, оба перекрытия: и нижнего, и верхнего храмов, – находились в аварийном состоянии. Не в лучшем виде были и инженерные сети (водопровод, канализация, электропроводка и пр.) как внутри собора, так и на территории: мало того, что они в свое время были сооружены для заводских целей, за многие годы они исчерпали свои ресурсы. Все это предстояло менять, сооружать заново. Особенно печальное зрелище представлял собой подвал, затопленный грунтовыми водами и отходами производства, источавшими зловоние, до сих пор памятное всем, кто побывал в соборе в те годы.
И все же насколько храму не повезло в безбожные годы, настолько же щедро он был вознагражден за свои страдания благодаря реставрации. Восполнены даже те недоделки и недостатки, которые имели место при его строительстве и которые, возможно, так и не были бы устранены, сложись его судьба в целом более благополучно.
Реставрационные работы ежегодно финансировались из разных источников: как государственных (федеральный и городской бюджеты), так и частных. Попечительский совет смог привлечь крупных жертвователей, благодаря которым удалось провести целый комплекс работ, не предусмотренных государственными программами. В том числе стало возможным выкупить у собственников здание советской постройки, на территории которого был затем воссоздан исторический дом причта. Прихожане также горячо отозвались на призыв собирать средства на написание новых икон и воссоздание богослужебной утвари храма.
Проект реставрации был разработан архитектурно-реставрационной мастерской № 5 «НИИ Спецпроектреставрация» (Санкт-Петербург). Реставрационные работы выполняли компании «Ресма», «Вымпел» и «Промпроект» (Москва), а также частично «Строительная культура» (Санкт-Петербург). Проектирование и монтаж новых инженерных сетей произвела компания «Телрос» (Санкт-Петербург).
Объем предстоявших реставрационно-строительных и инженерно-монтажных работ был столь велик, что с первых же дней большое внимание уделялось слаженности и координации действий всех участников процесса. Все эти годы еженедельно по пятницам на строительной площадке заседала рабочая группа для обсуждения насущных задач и вопросов. За пять лет с 2007 по 2012 годы проведено около 250 пятничных рабочих совещаний, решения которых неукоснительно заносились в протоколы. Также регулярно, несколько раз в год проводилось совещание в приемной помощника председателя Попечительского совета, Заместителя руководителя аппарата Государственной Думы РФ, начальника Управления по связям с общественностью и взаимодействию со СМИ аппарата Государственной Думы Юрия Шувалова, на протяжении всего времени реставрации бдительно курировавшего ход работ.
Портреты руководителей, координаторов и участников реставрации — здесь.
Первые два с половиной года (2007–2009) ушли на ликвидацию заводского наследия (демонтаж пристроек, этажей, старых инженерных сетей), замену старого перекрытия нижнего храма, воссоздание царской лестницы, гидроизоляцию подвала. Самым же впечатляющим итогом этого периода стало воссоздание всех пяти куполов собора. В сиянии новых золотых главок прошел престольный праздник и заседание Попечительского совета 29 августа 2009 года.
Большое значение для возрождения прихода и развития его культурно-просветительской деятельности стало сооружение на средства, выделенные Попечительским советом, трехэтажного временного здания для Просветительского центра («Белый дом»). Он был построен за короткий срок в течение осени-зимы 2007-2008 года и прослужил до декабря 2011 года, когда «уступил место» строительству-воссозданию исторического Дома причта.
В 2010–2011 годах заново были воссозданы и отделаны все помещения подвала, нижнего и верхнего храмов, все кровли – медные и черепичные, сооружены новые инженерные сети, отреставрирована колокольня, начаты работы по воссозданию внутреннего живописного убранства и богослужебной утвари собора. Полностью заменено перекрытие верхнего храма, в котором смонтирован теплый пол, поверх которого воссоздано мраморное покрытиесогласно старому чертежу и сохранившимся фрагментам подлинного пола. Осенью 2011 года в нижнем храме под руководством архимандрита Зинона (Теодора) была сооружены мраморная алтарная композиция, мраморный баптистерий. Здесь же одновременно с этим отец Зинон приступил к написанию фресок в апсидах.
Еще одним подарком стало воссоздание всех 11 колоколов «Романовского звона». Колокола впервые зазвучали в торжественной обстановке престольного праздника 27 марта 2011 года.
2012 год прошел в интенсивных трудах по воссозданию белокаменных фасадов храма, включая майоликовое панно на северной стене, а также мозаичного образа над главным входом. Большим благом для всего здания собора стала гидроизоляция его фундамента на всю трехметровую глубину по всему периметру, а также прокладка новой теплосети и монтаж нового индивидуального теплового пункта в подвале собора. Внутри храма кипели отделочные работы, воссоздавались предметы интерьера: пятиярусный иконостас верхнего храма и многое другое. Удалось обнаружить и расчистить остатки старой живописи на царской лестнице.
В непосредственной же близости от храма тоже не прекращалась работа: трудами петербургской строительной компании «Дальпитерстрой» воссоздавался исторический Дом причта, вновь заложенный летом 2011 года. Годом ранее на средства, собранные Попечительским советом, были выкуплены у собственников прилегающий участок и четырехэтажное кирпичное здание советской постройки, стоявшее на месте бывшего дома. Здание было демонтировано.
Итогом предъюбилейного года стало и полное благоустройство территории. За живописной оградой с этого времени здесь появился уютный уголок со старинной брусчаткой и аккуратными клумбами, над которыми возвышались обновленный белокаменный собор, храм-часовня Новомучеников и Исповедников Российских и возведенный вчерне дом причта.
В свой юбилейный 2013 год Феодоровский собор вступил полностью обновленным. 100-летие храма стало его новым рождением, точкой отсчета его новой истории.