В конце 2006 года реставрация храма получила мощный импульс: Председатель Государственной Думы Российской Федерации, лидер Всероссийской политической партии «Единая Россия» Борис Грызлов, посетивший храм в октябре 2006 года, принял предложение Митрополита Санкт-Петербургского и Ладожского Владимира и прихода Феодоровской иконы Божией Матери взять под свою опеку дело восстановления храма. К началу 2007 года был сформирован Попечительский совет под председательством Б.В. Грызлова. Первое заседание Совета прошло в Ореховом засле Государственной Думы РФ 23 января 2007 года.

Датой начала полномасштабной реставрации Феодоровского собора под покровительством Попечительсого совета следует считать 22 июня 2007 года. В этот день в храме состоялось рабочее совещание под председательством председателя Законодательного собрания Санкт-Петербурга Вадима Тюльпанова, в котором приняли участие руководители или представители профильных городских комитетов, основных благотворителей, «ЦСКП Северо-Запад», генерального проектировщика, генерального подрядчика и прихода.

В это же время, после подписания госконтракта, генеральный проектировщик ОАО «НИИ СПЕЦПРОЕКТРЕСТАВРАЦИЯ» (Санкт-Петербург) приступил к разработке проектно-сметной документации на реставрацию (сохранение объекта культурного наследия) собора, и в первую очередь на первоочередные и противоаварийные работы (разборка надстроек и пристроек выполненных в советский период).

В течение второй половины 2007 года была выполнена основная часть первоочередных противоаварийных работ. Объем работ, выполненных за столь небольшое время, был огромен. За несколько месяцев генеральным подрядчиком реставрации ФГУП НПФ «Ресма» (Москва) было проделано то, о чем с ужасом думалось еще совсем короткое время назад:

К концу августа 2007 года (третьему заседанию Попечительского совета, состоявшемуся 29 августа в соборе) были полностью разобраны все кирпичные и железобетонные пристройки, обрамлявшие собор по периметру с южной, восточной, северной и частично западной сторон. Весь строительный мусор сразу же вывозился.

Одновременно с этим в течение лета и осени было демонтировано аварийное перекрытие между подвалом и первым этажом (нижним храмом), так как выдержать предполагаемую нагрузку большого количества прихожан в нижнем храме оно по техническому заключению выдержать не могло.

29 августа 2007 года в соборе в последний раз было совершено богослужение, и начались работы внутри верхнего храма. К 31 декабря были полностью демонтированы и вывезены два железобетонных перекрытия толщиной около 1 метра каждое, разделявших высокое пространство верхнего храма на три этажа, и три шахты заводских лифтов. 31 декабря 2007 года в верхнем храме под открывшимися сводами собора приход совершил новогодний молебен.

К концу декабря 2007 года были полностью демонтированы и вывезены двухэтажная надстройка, образовывавшая 4-й и 5-й этажи над западной частью храма, а также одноэтажная надстройка (3-й этаж) над южным крылом. Раскрытые части были утеплены и укрыты временной кровлей.

Были установлены леса по всему периметру и по всей высоте собора.

За период октябрь 2007 – март 2008 было возведено временное здание для размещения Православного просветительского центра при Феодоровском соборе.

Параллельно продолжались проектные и исследовательские работы по всему комплекту документации на реставрацию собора. Специалисты-реставраторы ОАО «НИИ Спецпроектреставрация» обследовали техническое состояние здания, выполняли архитектурный обмер, вели технологические исследования по отделке фасадов и интерьеров с целью составления проекта реставрации, компании «Телрос» и «Модуль» вели обследование инженерных сетей и сбор технических условий – с целью составления проекта инжеренерных сетей.

2008 год 

К апрелю 2008 года были установлены леса во всю внутреннюю высоту собора, а в мае — леса на крыше здания для проведения работ по воссозданию пяти барабанов с куполами

В это же время практически завершена разработка проектной документации архитектурной и конструктивной части, а также по инженерному обеспечению собора.  К лету 2008 года разработка архитектурной части проекта реставрации была практически завершена. Разработаны следующие проекты: воссоздания утраченных барабанов и главок; воссоздания завершений северо-восточной, северо-западной и юго-западной башень и завершения звонницы; устройства всех кровель; реставрации сохранившихся элементов отделки фасадов и воссоздания утраченных; реставрации интерьеров; благоустройства. На стадии эскиза разработаны проекты: воссоздания иконостаса и паникадил верхнего храма; воссоздания мозаичной фасадной иконы и реставрации надвратной иконы; реставрации живописи в интерьере.

В течение 2008 года воссоздавались полностью уничтоженные в советское время пять барабанов с куполами — четыре малых и один большой. Летом и осенью барабаны отливались из бетона с последующей облицовкой белым камнем, изготовленным на каменном заводе «Marmor Kamin» в Салониках (Греция) . Одновременно с этим шел

монтаж металлических каркасов всех куполов для последующих их облицовки медью и золочением. 15 декабря 2008 года состоялось духовно значимое и символичное событие — подъем креста на главный купол  собора. Малые кресты были подняты ранее. К началу лета 2009 года предполагается полностью завершить облицовку камнем всех барабанов и золочение крестов с куполами.

Параллельно с этим, в 2008 году велись работы по гидроизоляции подвала, а также по полной замене железобетонного перекрытия между подвалом и первым этажом (нижним храмом).