Согласно предлагаемому проекту, интерьер нижнего храма будет выдержан в древней византийской традиции, воспринятой на Руси в самые первые века утверждения христианства (в т.н. домонгольский период): низкая алтарная преграда из камня, мраморный киворий (сень) над престолом, фрески по сырой штукатурке по алтарным апсидам, деисис (Христос и Богородица) в мраморных киотах на колоннах, отделяющих центральный алтарь от боковых.
Центральный и боковые алтари будут соответствовать древней традиции: в центре – престол; слева – жертвенник; справа – диаконник. Фрески созвучны этому назначению: в центре – Причащение апостолов, в левой апсиде — ветхозаветные прообразы; в правой – святые, которым были посвящены алтари нижнего храма.
Проект нижнего храма собора отвечает первоначальным намерениям его создателей в начале прошлого века, желавших воссоздать интерьер древнерусского храма XII-XIII века. Верхний же предполагалось исполнить в более поздних традициях XVII века с многоярусным иконостасом и настенными росписями. Осуществленный во всей полноте данный замысел таким образом будет представлять различные этапы развития храмового пространства в истории христианства – от низкой алтарной преграды, соединяющей храм в единое собрание верующих, до многоярусной стены, разделяющей собрание на клир и мирян.
Отец Зинон будет трудиться в тесном взаимодействии с генеральным проектировщиком реставрации НИИ «Спецпроектреставрация» (Санкт-Петербург), генеральным подрядчиком ФГУП НПО «Ресма» (Москва), выигравшим конкурс на проектирование внутреннего убранства храма, и с Межобластным научно-реставрационным художественным управлением (Москва), также включающимся в работу. Он выразил свою готовность осуществлять консультирование по всем вопросам, касающимся художественного оформления собора в целом.