В соответствии с пожеланиями создателей храма (см. отчет Строительного Комитета от 1917 г.) в настоящее время в ходе продолжающейся реставрации собора спроектировано и обустраивается пространство нижнего храма. Архимандрит Зинон (Теодор) выполнил эскиз алтарной части. Им же создаются фрески в апсидах, часть икон нижнего храма, осуществляется общее руководство изготовлением церковной утвари и организацией храмового пространства.
Первоначальный эскиз фресок, алтарной преграды и кивория:
Окончательный эскиз фрески центральной апсиды (Причащение апостолов):
На основании эскиза изготовлены из мрамора алтарная преграда, киворий (сень) над престолом, престол и жертвенник, а также киоты для образов Спасителя и Богородицы на колоннах между центральной и боковыми апсидами. В камне будет выполнена и голгофа.
За исключением алтарной части, своды храма оставлены без росписи. На полу уложена керамическая плинфа, покрытая гонозисом (смесь воска, вываренного в морской воде, с льняным маслом).
В центре храма на полу выложен лабиринт из белого и черного мрамора – средневековый символ пути человека к Богу.
В южном нефе сооружен мраморный баптистерий для крещения взрослых через полное погружение.
Предметы храмового убранства (люстры, аналои, киоты, подсвечники, лампадофор над престолом, напрестольный крест, лавки) выполнены в византийском стиле, переосмысленном в искусстве модерна начала XX века.
Иконы нижнего храма представляют собой цельный ансамбль ликов святых прежде всего Вселенской Церкви, а также святых, которым посвящен храм, и святых, чтимых в России. Основная часть икон принадлежит кисти отца Зинона. Также имеются иконы, написанные Натальей Зельцер, Ярославом и Иоанной Якимчуками, Ильей Иванкиным, Филиппом Давыдовым.
Написание икон и изготовление предметов церковной утвари стало возможным благодаря пожертвованиям прихожан и других благотворителей (информация об этом – см. в разделе «Соберем храм!»). Подробнее об иконах нижнего храма можно узнать здесь.
Фотогалерея интерьеров нижнего храма по состоянию на июнь 2012 года — здесь.