Возрождение прихода Феодоровской иконы Божией Матери началось в 1992 году, как только встал вопрос о возвращении Феодоровского собора Русской Православной Церкви. Процесс передачи затянулся на долгие почти полтора десятка лет, однако приход был образован и зарегистрирован немедленно. Настоятелем был назначен протоиерей Владимир Сорокин. Среди первых членов прихода и тех, кто помогал начинать его возрождение, были Александр Ткаченко (ныне священник), Владимир Блинов, Юрий Колосов, Вера Сорокина, Виктор Глухов, Виктор и Вера Абалакины, Татьяна Песчанова, Татьяна Маслова, Александр Семенов, Раиса Тамберг, Наталия Зельцер, Нина Денисова, Елена Никичена, Николай Дураков, Татьяна Королева, Виталий и Ирина Мартюшевские, Ольга Ковалевская, Елена Бурковская, Татьяна Некрасова и другие.
Вскоре было получено разрешение на возведение временной часовни вблизи молокозавода, за его забором у тротуара Миргородской улицы. 8 сентября 1992 года часовня была заложена и к весне 1998 года построена на средства благотворителей по проекту петербургского архитектора Георгия Васильева (1937–1998). Основными благотворителями выступили директор строительного объединения «Баррикада» Станислав Баринов, Виктор Глухов и другие.
Многие работы по строительству храма протоиерей Владимир Сорокин с помощниками производили собственноручно: штукатурили стены, крыли крышу, обивали вагонкой потолок и т.п. Иконы написали Наталия Зельцер, Нина Денисова, Александр Стальнов, Валентина Жданова.
Периодически еще до освящения храма община прихода, насчитывавшая поначалу не более двух-трех десятков человек, совершала здесь молебны по большим праздникам. Была организована группа воскресной школы для детей под руководством Веры Сорокиной. Занимались в небольшом деревянном строении в глубине участка, выделенного во временное пользование с согласия дирекции молокозавода.
28 марта 1998 года часовня была освящена как храм святых Новомучеников и Исповедников Российских. Чин освящения совершили благочинный Центрального округа, настоятель Князь-Владимирского собора и первый настоятель храма Феодоровской иконы Божией Матери после возвращения протоиерей Владимир Сорокин, настоятель храма Смоленской иконы Божией Матери на Смоленском кладбище протоиерей Виктор Московский, ключарь Князь-Владимирского собора священник Александр Сорокин, председатель братства великомученицы Анастасии Узорешительницы священник Александр Степанов, клирик Князь-Владимирского собора священник Андрей Жук, клирик храма Смоленской иконы Божией Матери диакон Иаков Амбарцумов и клирик Князь-Владимирского собора диакон Валентин Щукин.
Освящение храма святых Новомучеников и Исповедников Российских стало решающей вехой в становлении возрожденной приходской общины. Регулярное совершение воскресных и праздничных богослужений, катехизация и другие формы внебогослужебного общения стали служить неуклонному пополнению ее новыми членами.
Одним из регулярных участников первых богослужений в качестве проповедника бывал находившийся на покое архиепископ Михаил (Мудьюгин; † 2000 г.).
Клир прихода первоначально состоял из настоятеля протоиерея Владимира Сорокина, основным местом служения которого был и остается Князь-Владимирский собор, и протоиерея Александра Сорокина, также клирика Князь-Владимирского собора, которому было вменено в послушание постоянное служение в новопостроенном храме, приписанном к Владимирскому собору. Назначение отца Александра настоятелем Феодоровского прихода состоялось в 2003 году.
С началом богослужений в храме был организован любительский хор под управлением Марины Король, зародилась традиция приходских чаепитий после богослужений. Вскоре установился ежегодный осенне-весенний цикл катехизации, стала действовать детская воскресная школа.
С 2000 года к приходу присоединилось братство православных трезвенников Братца Иоанна Чурикова (руководитель – Владимир Глинский), молитвенные собрания которых проходят при храме каждое воскресенье.
С 2002 года при храме стало действовать еще одно, Александро-Невское общество трезвости, или Международный институт резервных возможностей человека (руководитель – доктор, с 2013 года священник Григорий Григорьев).
Очередной знаковой вехой в истории прихода стали события августа 2005 года, когда молокозавод был наконец выселен из здания собора, уступив место приходской общине. Буквально в следующие же дни после подписания акта о выселении завода – 5 и 6 августа – прихожане и добровольцы с энтузиазмом принялись очищать помещения храма. Спешили к ближайшему воскресенью 7 августа. В этот день приходская община крестным ходом после литургии в храме Новомучеников и Исповедников Российских вступила в собор, где была зажжена первая лампада. Возглавил крестный ход протоиерей Владимир Сорокин.
Еще через три недели, 28 и 29 августа – в праздники Успения и Феодоровской иконы Божией Матери, там же впервые после 73-летнего перерыва состоялось служение Божественной литургии.
Первая из этих двух литургий, в праздник Успения, состоялась при участии не только прихожан, но и нескольких десятков участников проходившей в Петербурге Международной конференции исследователей Нового Завета (SNTS): присутствовали как православные русские, греки, болгары, румыны, так и католики и протестанты из различных стран Европы, Африки, Австралии и Америки. Служили три священника: настоятель протоиерей Александр Сорокин, архимандрит Ианнуарий (Ивлиев) и клирик Румынской Православной Церкви протоиерей Василий Михок, а также диакон из Новосибирской епархии Иоанн Реморов. Проповедь звучала в параллельном переводе на английском языке (переводил прихожанин Виктор Абалакин, в прошлом директор Пулковской обсерватории).
Сразу же после возвращения храма приход взял на себя труд посильно содействовать его восстановлению или хотя бы препятствовать его дальнейшему разрушению. Помещения бывшего молокозавода, насколько позволяли средства и силы, приспосабливались для приходских и просветительских нужд. К зиме 2005/06 года очистили подвал от шлаков, отходов и старого оборудования, оставшихся от молокозавода, заложили проемы в стенах, установили временное отопление и новые санузлы, остеклили окна.
Работы и закупка материалов производились за счет благотворителей: Князь-Владимирского собора (настоятель протоиерей Владимир Сорокин), Александра Гусарова, Андрея Галенко, Павла Громова, Григория Григорьева, Галины Тереховой, Евгения Герасимова, Аллы Григорьевой, общества трезвенников Братца Иоанна Чурикова и других.
В 2006 году начиная с праздника Рождества Христова постепенно наладились регулярные богослужения на втором этаже собора.
В Великий четверг 20 апреля 2006 года группа прихожан во главе с Владимиром Кирьяновым установила на вершине четырехскатной крыши над храмом шестиметровый деревянный восьмиконечный крест.
Благодаря самоотверженному труду прихожан и вкладам благотворителей приход смог использовать многочисленные просторные помещения, которые достались от молокозавода, но находились в крайне запущенном состоянии.
Так, ощутимый вклад в обустройство помещений по рекомендации главы муниципального образования «Лиговка Ямская» Константина Ковалева внесла строительная компания «Дальпитерстрой» во главе с ее директором Аркадием Скоровым. В течение лета и осени 2006 года был произведен ремонт помещения хоров на третьем этаже собора, ставшего вместительным Белым залом. В нем стало возможным проводить и приходские чаепития, и конференции, и лекции, и катехизацию, и занятия воскресной школы, и концерты, и т. п. Там же состоялось судьбоносное заседание Попечительского совета 29 августа 2007 года, после которого приход покинул собор, вернувшись в храм-часовню Новомучеников и Исповедников Российских и уступив место реставраторам.
К осени 2006 года были получены средства из федерального бюджета по программе «Культура России» на проведение части первоочередных противоаварийных работ в нижнем храме. Работы произвела строительная компания «Фасадремстрой»: в течение октября – декабря 2006 года были демонтированы перегородки на первом этаже здания. 31 декабря 2006 года в освобожденном пространстве нижнего храма впервые после долгого перерыва был совершен новогодний молебен.
В 2007 году в клир храма был назначен еще один священник – отец Димитрий Сизоненко, с приходом которого активизировалась работа с молодежью. Постепенно наладилось проведение просветительских мероприятий, в частности, под эгидой епархиального журнала «Вода живая»: конференции, круглые столы, презентации, семинары, лектории и т. п.
Масштабная и комплексная реставрация собора под эгидой Попечительского совета началась в июне 2007 года с демонтажа заводских пристроек советского времени, окружавших собор почти по всему периметру. В течение всего лета приход еще продолжал совершать богослужения на втором этаже собора. При этом уже вовсю грохотали отбойные молотки, заглушая пение и чтение молитв и в то же время возвещая наступившую эру восстановления храма. Вскоре настал момент, когда приход должен был полностью покинуть здание собора: начинался демонтаж межэтажных перекрытий, а вслед за этим полномасштабные реставрационные работы по всему собору.
29 августа 2007 года, совершив последнюю литургию, приход вернулся в храм Новомучеников, столь полюбившийся многим прихожанам и даже успевший за полтора года служб в Феодоровском соборе зародить ностальгические чувства. С этого момента богослужения в соборе стали совершаться лишь в исключительных случаях. Так, в верхнем храме после демонтажа заводских перекрытий был совершен новогодний молебен 31 декабря 2007 года. Следующее богослужение в соборе состоялось более года спустя: 19 апреля 2009 года – ночное Пасхальное богослужение в нижнем храме. Те, кому довелось быть на том богослужении, помнят, как необычно выглядел тогда нижний храм: под ногами – новое железобетонное перекрытие, песок и строительная пыль, над головой – еще не расчищенные своды с зияющими бесформенными дырами, холод и неуютность, мерцание немногих лампочек на временных проводах. Но при этом – ликование Пасхи, символизировавшее неуклонное возрождение храма.
В дальнейшем в период реставрации службы в соборе также совершались только в виде исключения и только в нижнем храме. И каждый раз прихожане и гости могли воочию убедиться в очередных успехах реставрации.
В 2010 году в нижнем храме служили на Рождество Христово, в пятницу накануне Похвалы Божией Матери 19 марта, в Лазареву субботу, на которую пришелся праздник Феодоровской иконы Божией Матери 27 марта, в Вербное воскресенье, на Пасху 4 апреля, в праздник Феодоровской иконы Божией Матери 29 августа и в престольный праздник нижнего храма – святого благоверного великого князя Александра Невского 12 сентября. Там же, в нижнем храме, состоялось очередное заседание Попечительского совета 29 августа 2010 года.
В 2011 году также в нижнем храме прошли богослужения на Рождество Христово, в праздник Феодоровской иконы Божией Матери 27 марта, когда состоялась первое архиерейское богослужение и впервые зазвучали воссозданные колокола собора, в Вербное воскресенье 17 апреля и на Пасху 24 апреля. В праздник Покрова Божией Матери 14 октября 2011 года в нижнем храме состоялось еще одно заседание Попечительского совета, а вечером служили Акафист Божией Матери, завершив его в верхнем храме.
Наконец, в 2012 году в нижнем храме прошли тоже лишь самые важные и многолюдные службы – Рождества Христова, Вербного воскресенья, Великой субботы и Пасхи. Служба Великой субботы 14 апреля 2012 года стала особенно памятной благодаря тому, что в этот день впервые было совершено Таинство Крещения полным погружением в новосооруженном баптистерии.
Начало реставрации Феодоровского собора летом 2007 года поставило под вопрос дальнейшую просветительскую и вообще внебогослужебную деятельность прихода, которая только-только развернулась в помещениях бывшего молокозавода. На заседании Попечительского совета 29 августа 2007 года, которое состоялось в Белом зале на третьем этаже собора под руководством председателя Бориса Грызлова, было принято решение выделить средства на возведение временного трехэтажного дома на территории прихода. В нем предстояло разместить все необходимое для полноценной церковной жизнедеятельности и тем самым заложить основу будущего Просветительского центра. Здание было построено к весне 2008 года и прослужило до конца 2011 года, когда было разобрано ввиду начавшегося воссоздания исторического Дома причта, предназначенного для постоянного размещения центра.
За неполные четыре года существования «Белого дома» – такое неофициальное прозвище получило временное здание – в нем зародилось, получило приют и наладилось множество полезных дел и проектов. Наличие нескольких удобных помещений дало возможность одновременно проводить мероприятия и встречи различного содержания.
В зале – довольно вместительном помещении с внутренним балконом – еженедельно проходило общение за чаем всех прихожан и гостей после каждой воскресной или праздничной литургии. В рамках катехизации стало возможным собираться не только на большие лекции в зале, но и небольшими группами по 12–15 человек для более доверительного общения. Появились традиции еженедельных встреч для чтения Евангелия. В разные дни проходили занятия детской воскресной школы в нескольких возрастных группах. Лекции по Библии, по истории Церкви и другим церковным дисциплинам собирали слушателей не только из числа прихожан, но и многих других желающих. Устраивались круглые столы, конференции, семинары и тематические вечера с участием интересных людей.
С успехом проходили различные представления – от детских праздников до театральных постановок и концертов классической музыки. Было где заняться и рукоделием, и изучением иностранных языков, и церковным пением, и другими полезными занятиями. Была и детская комната – отдельное помещение, где в любое время можно было заниматься с самыми маленькими прихожанами. Действовала библиотека. Зал и другие помещения были хорошо укомплектованы удобной необходимой мебелью и оснащены аудио– и видеотехникой.
За все это и за многое другое, чем успел послужить «Белый дом» и благодаря чему у многих людей возник вкус к насыщенному, полезному и обогащающему церковному общению, приход благодарен Попечительскому совету и всем тем, кто принял и осуществил в свое время трудное решение не только реставрировать разрушенный собор, но и соорудить достойный кров для деятельности возрождаемого прихода.
В этом отношении трудным оказался 2012 год, когда «Белый дом» прекратил свое существование, а нового, постоянного места для набравших силу приходских начинаний еще не было. Воскресной школе и другим группам приходилось ютиться во временных бытовках-вагончиках, предоставленных реставраторами и строителями, а также прямо в храме Новомучеников. И тем острее было ожидание окончания строительно-реставрационных работ в соборе и на территории к его 100-летнему юбилею.