Первым настоятелем Феодоровского собора стал инициатор его строительства — настоятель Феодоровского Городецкого монастыря Нижегородской епархии архимандрит Алексий (Яковлев, 1858–?). О деятельности отца Алексия, связанной с сооружением храма, рассказывается в разделе «История»: Предыстория (конец XIX – начало XX века) и Строительство и первые службы (1909–1917).
Благодаря неутомимой энергии отца Алексия удалось соорудить на подворье грандиозный храмовый комплекс. Правда, ради этого ему пришлось подолгу отсутствовать в обители, за что однажды от нижегородского епархиального начальства ему даже было поставлено на вид и предписано «прекратить продолжительные отлучки из монастыря». В свое оправдание отец Алексий писал: «В этом деле постройки храма и подворья получаю в награду только одни великие скорби, печали и беспокойства. Делаю дело Божие во имя послушания, лишь бы чем-нибудь помочь Феодоровской обители…»
В начале 1914 года, вскоре после освящения верхнего храма, на котором присутствовал государь, архимандрит Алексий был утвержден в должности настоятеля Феодоровского собора. В день освящения «во внимание к отлично-усердным трудам по сооружению в Петрограде храма-памятника 300-летия Царствования Императорского Дома Романовых» отец Алексий был удостоен ордена святого равноапостольного князя Владимира IV степени, а помимо этого еще и медалью в память царствования Императора Александра III, знаком в память построения Феодоровского собора, бронзовым крестом в петлице на Владимирской ленте и бронзовой медалью.
В конце 1916 года архимандрит Алексий серьезно заболел и по совету врачей был отправлен на излечение в больницу. Дальнейшая судьба его остается неизвестной.